Em um mundo onde duas grandes fontes de magia existem, Gênesis e Êxodo, representadas por árvores que possuem controle sobre o funcionamento do mundo, uma garota foi assassinada misteriosamente, causando uma grande perda para seus conhecidos.
Seu irmão, Mahiro Fuwa, desejou vingança esse tempo todo e por acaso, encontrou um boneco de madeira falante enquanto andava pela praia. Através do boneco de madeira, Hakaze Kusaribe se apresenta como uma líder de um grande clã de magos, mencionando que foi traída e aprisionada em uma ilha sem materiais necessários para escapar.
Os dois formam um trato em que, se Mahiro à ajudar a sair da ilha, Hakaze encontra o assassino de sua irmã, o aprisiona e o entrega para para Mahiro ter sua doce vingança. Hakaze o direciona a encontrar diversos artefatos da civilização, criações da humanidade, que são catalisadores para usar a magia do clã Kusaribe.
Durante essa busca, Yoshino Takigawa é envolvido e, como amigo de Mahiro e conhecido da falecida irmã, Mahiro conta sua experiência até então e o convida para ajudar. Yoshino tem seu interesse despertado e aceita, se envolvendo e ficando cada vez mais curioso com a situação da Hakaze e a existência de magia.
Hakaze compartilha que ela é uma maga que se submete à Árvore de Gênesis e foi aprisionada para não conseguir impedir o ritual de crescimento da Árvore de Êxodo. Ela adiciona que se o ritual for encerrado, será o fim do mundo. Hakaze os direciona para um artefato de grande poder capaz de destruir a Árvore de Êxodo.
Após encontrarem o artefato necessário, eles partem para a localização do ritual e se deparam com Samon Kusaribe, aquele quem aprisionou Hakaze e está liderando o ritual. Os meninos o ameaçam a utilizar o artefato caso ele não traga a Hakaze de volta e é nesse terreno despedaçado que o choque entre razões e ideias acontece.
Samon prova que a Hakaze está morta e Mahiro a abandona, cobrando que seja Samon que encontre o assassino de sua irmã, e caso contrário, ele destruirá tudo de qualquer forma. Yoshino tenta convencer Mahiro a retornar com a ideia de que Hakaze está presa e no meio dessa conversa, ele desvenda a verdade sobre a morte da Hakaze e ilha.
Conforme Yoshino desvenda e explica as informações obtidas, Samon concorda e/ou desvia conforme o beneficia e Mahiro escuta os dois atentamente, buscando sua própria lógica para seguir em frente. O que os meninos não sabem é que Samon está em apuros, porque a lógica deste mundo esteve à favor da Hakaze esse tempo todo.
A situação inteira onde Mahiro, Yoshino e Samon tentam alinhar o raciocínio para que eles ou colaborem com a destruição da Árvore de Êxodo ou que os meninos desistam da Hakaze e Samon consiga realizar seus planos é incrivelmente extraordinária, com desfechos cada vez mais elevados e que me fez pensar junto nas possibilidades.